Concluïda la Guerra Civil, les autoritats franquistes van expulsar a les famílies de refugiats de guerra que allà es trobaven i van habilitar el palau com a presó. En les primeres setmanes no existien ni excusats ni cuina i fins a maig no es va poder fer cap mena de ranxo per als reclusos. És fàcil per tant imaginar les condicions de vida que tenien els presos, especialment aquells que no tenien la proximitat de les famílies per portar-los menjar. El mateix director de la presó reconeixia, en un informe de desembre de 1939, que l'edifici estava en "muy deplorables condiciones". Els malalts eren atesos per dos metges i un practicant presos. El nivell de saturació va ser tal que van haver d'utilitzar-se altres edificis de la localitat, com l'anomenada "Fábrica número 2", hui en dia col·legi públic Candalix. Les dones il·licitanes eren retingudes al Centre d'Informació i Investigació de la Falange. Més endavant, el palau d'Altamira va passar a denominar-se "campo-prisión" i va funcionar com a presó fins a l'any 1956. En l'actualitat és la seu del Museu Arqueològic i d'Història d'Elx.